El cantón de Flores fue habitado por indígenas del llamado Reino Huetar de Occidente, cuyo cacique fue Garavito, territorio que formó parte de la región que se denominó durante la colonia como valla de Barva, en donde se fueron formando algunas haciendas de labriegos españoles, provenientes principalmente de Cartago.
El siglo XIX el territorio fue creciendo, recibiendo las categorías de barrio, cuartel y distrito del cantón de Heredia. La construcción del ferrocarril al Caribe, a finales del siglo XIX, influyó considerablemente en el desarrollo de la zona.
Durante el gobierno de don Rafael Ángel Calderón Guardia en marzo de 1944 se inauguró el actual edificio escolar, con el nombre de Escuela de Estado Unidos de América. El Liceo Regional de Flores, inició sus actividades educativas el 1 de marzo de 1966, durante la administración de don Francisco Orlich Bolmarcich.
La Municipalidad de Heredia, el 13 de enero de 1845, nombró como Alcalde del Cuartel de San Joaquín a don Lorenzo Barrantes; este ilustre ciudadano fue un propulsor del progreso de San Joaquín, por lo que, cuando se creó el cantón, al distrito segundo se le asignó su apellido, en justo reconocimiento a su labor.
La primera ermita del barrio San Joaquín, construida de adobes, fue bendecida en septiembre de 1855, la cual estuvo ubicada dos cuadras al oeste de la esquina noroeste de la actual iglesia. La imagen del Patrono San Joaquín, traída de Guatemala, se bendigo en 1866. Fue así como el 11 de septiembre de 1865 se colocó la primera piedra del templo actual, consagrada el 4 de diciembre del mismo año, por Monseñor don Bernard Augusto Thiel Hoffman, segundo Obispo de Costa Rica.
En la segunda mitad del siglo XIX se instaló en San Joaquín, el primer alumbrado público, que consistió en faroles que contenían una canfinera, que diariamente se encendía y se apagaba a las 9:00pm. En 1914 se inauguró el alumbrado eléctrico con bombillos.
Durante el gobierno de don Rafael Iglesias Castro, mediante acuerdo ejecutivo No.130 del 18 de septiembre de 1894, se inauguraron los servicios telegráficos y correos en el distrito de San Joaquín.
El 1 de enero de 1916 se llevó a cabo la primera sesión del Concejo de Flores, integrado por los regidores propietarios señores Dolores Víquez Vargas, Presidente; Zacarías Ramírez Víquez, Vicepresidente; y Juan Ruiz Madrigal Fiscal. El Secretario Municipal fue don Joaquín Calivá y el Jefe Político don Juan Ramírez.
El nombre del cantón se otorgó en memoria del distinguido médico costarricense, don Juan J. Flores Umaña, quien se distinguió por su desprendimiento y espíritu humanitario; que llegó a ocupar la presidencia del Concejo de Heredia y la Gobernación de Heredia, gracias a su gestión se construyó el mercado, el parque y un salón teatro en la Casa Municipal de la ciudad. Nació el 12 de abril de 1843 en Heredia y falleció el 11 de octubre de 1903.
Por la Ley No. 52 del 12 de agosto de 1915, Flores se erigió como el cantón número 8 de la provincia de Heredia, es el cantón más pequeño de la República de Costa Rica con 6.96 km2; este cantón cuenta con tres distritos: San Joaquín, Llorente y Barrantes.